Название города связано с названием местной речки – Батайсу. По легенде когда-то здесь была ставка хана Золотой Орды – Батыя. До конца 17 века эти земли принадлежали Османской империи. Постоянное российское поселение на месте нынешнего города возникло во второй половине 18 века, во время русско-турецких войн, хотя заселение этих мест православными началось еще при Петре Первом. Основателями поселка стали запорожские казаки и бурлаки. В1780 году здесь поселились вывезенные из Крыма армяне.
В 1875 году через Батайск прошла железнодорожная ветка на Кавказ. Во многом это и определило судьбу города. До нынешних дней Батайск прежде всего крупнейший транспортный узел юга России.
Во время гражданской войны город неоднократно захватывали то белые, то красные. И те и другие справедливо считали Батайск воротами Ростова.
В 1931 году здесь была создана авиашкола. 72 ее выпускника получили звание Героя Советского Союза. Выпускники Батайской авиашколы космонавты: Хрунов, Горбатко, Комаров. Во время Отечественной войны город был захвачен, а при отступлении практически до основания разрушен фашистами. Для его восстановления понадобились годы.
Батайск расположен всего в 15 километрах от Ростова на Дону. В семидесятые годы даже рассматривался вариант строительства линии метрополитена соединяющей эти города. Проект остался на бумаге. Связала Ростов с пригородом широкая автотрасса. На ее обочине красуется знаменитый памятник «Тачанка».
В Батайске находится самая большая монета в мире. В тротуар вмонтирован огромный пятак. Так горожане решили украсить любимое место, которое так и называлось – «пятак». Примечательна площадь Андрея Первозванного с памятником святому и Свято-Троицким храмом.